Les activités du CRHAEL s’organisent autour de trois axes principaux :
- l’histoire maritime et coloniale ;
- l’histoire religieuse et culturelle régionale (la « région » étant ici entendue dans une acception large) ;
- l’histoire littorale, en particulier comme point de rencontre entre les deux premiers axes.
Les quatre principales périodes historiques sont représentées dans les activités du CRHAEL.
Dans le cadre de son intégration au laboratoire HLLI, le CRHAEL a pour objectifs :
- de promouvoir les recherches historiques, militaires, sociologiques, technologiques et techniques concernant les civilisations maritimes et coloniales.
- de les comparer avec celles des autres chercheurs français par un partenariat fort avec le GIS – Lorient et le laboratoire d’histoire maritime de Paris IV et des organisations communes de colloques, journées d’études, jurys de thèses avec les universités du Havre, de Caen, de Lorient, de Nantes, Le Rochelle, de Bordeaux, Aix-en-Provence et Nice.
- de les comparer avec celles des chercheurs étrangers notamment par des partenariats avec les universités proches de la Manche et de la Mer du Nord telles que les Universités du Kent, de Greenwich et de Gand, par des séminaires, des journées d’études et des articles communs.
- de contribuer à l’expertise et à la conservation du patrimoine maritime et littoral.
Les membres du CRHAEL sont présents dans les conseils scientifiques de nombreux musées maritimes.